A partir de la reestructuración e incremento de personal de la SISS realizados en el año 1998, la organización inició una etapa de mayor desarrollo, implementándose nuevos procesos de fiscalización en los diversos ámbitos del servicio sanitario y también respecto de los establecimientos industriales generadores de residuos líquidos industriales.

A partir del año 2006, la Historia de la SISS pasa a recopilarse en el Balance de Gestión Integral, que puede encontrar en la Sección Acerca de la SISS/Gestión.