La estructura de la SISS privilegia el respeto a la unidad de los procesos claves necesarios para cumplir su misión, estableciendo sistemas de trabajo que permiten abordar las principales funciones identificadas. Desde el punto de vista de los métodos de trabajo internos, se privilegian aquellos que incentivan la conformación de equipos multidisciplinarios que asumen, integralmente, la responsabilidad por la gestión de los procesos claves asociados a las funciones.

La estructura organizacional de la Superintendencia descansa, en lo que dice relación con sus principales funciones, en torno a:

- Las Divisiones de Concesiones, de Fiscalización y de Gestión y Recursos

- Las Unidades Ambiental y de Auditoría Interna.

- La Fiscalía.