A partir del año 2000 la SISS suscribió un convenio con el Instituto Nacional de Normalización - INN, para la acreditación de laboratorios de ensayo que realicen análisis de agua potable y aguas residuales, por lo cual esta Superintendencia acepta (de parte de los entes fiscalizados) sólo los análisis realizados por laboratorios acreditados bajo dicho convenio, utilizando las metodologías exigidas en:

1. Manual de Métodos de Ensayo para Aguas Potable, versión 2007, para el análisis de agua potable .

2. Serie de Normas Chilenas NCh2313 Aguas Residuales - Métodos de Análisis, para el análisis de aguas residuales.